A los médicos especialistas les adeudan más de seis meses, a los empleados de planta les deben dos meses y la prima de navidad, y a las personas contratadas por órdenes de prestación de servicios, OPS, les deben septiembre, octubre y noviembre.
También existen grandes deudas a los proveedores: lavandería, medicamentos, hemoderivados, insumos de laboratorio, vigilancia, aseo, alimentación.
El gobierno nacional, por intermedio de la Superintendente Nacional de Salud, Supersalud, tiene intervenido el Hospital San Francisco desde junio de 2020 y en estos cuatro años y medio, tras varias prórrogas, ha nombrado seis agentes especiales interventores: Camilo Eduardo Ramírez Mejía, César Augusto Ramírez Montoya, Inés Bernarda Loaiza Guerra, Nelson Orlando García Úsuga, Carlos Ariel Rodríguez Suárez y Juan Bautista Amud.
El Ministro de Salud, Alfonso Jaramillo, ha repetido en varias ocasiones que el hospital no será liquidado, sino que se hará viable, lo que incluye solucionar los problemas crónicos del hospital, como la falta de mantenimiento, la deuda laboral y las deficiencias en la prestación de servicios. Sin embargo, la situación se agrava con el paso de los días, mostrando un fracaso de la intervención del gobierno nacional.